腸道菌叢是人類最後一個被發現的類器官，近十年來，個體的菌相失衡，受到學界與醫界的高度關注，菌相失衡不僅影響消化道本身，同時亦被認為是許多非傳染性疾病的潛在誘發因子，諸如 : 肥胖、糖尿病、非酒精性脂肪肝、冠心病、失智症、憂鬱症、自體免疫、癌症等。其學理在於腸道內細菌的相對豐度 (relative abundance) 產生失衡，諸如變形菌門大量增生、兼性厭氧菌大量生長、精神病核心菌群增生、潰瘍菌叢增生、膽鹽代謝菌叢失衡等各種不同的亞型。個體的腸道菌相若長期處於失衡狀態下，被懷疑會引發腸黏膜受損與腸漏症，進而導致格蘭氏陰性菌細胞壁的內毒素滲漏入循環系統，增加各種器官的疾病風險。

利用次世代基因定序分析微生物與傳統方法的差別

傳統細菌培養方法應用於疾病判斷或是感染風險診斷已有久遠歷史，然而，由於每株細菌的生長速度不同，以及最佳培養配方的差異性，傳統培養只能檢測特定已知細菌是否存在 (有/無)，以及用菌落形成單位 (CFU) 粗估其絕對豐度 (Absolute abundance)，而無法判斷每株細菌在腸道內實時的相對豐度，因此應用受限於致病原菌診斷。

這幾年因為科技發達，次世代基因定序的技術突破讓人類的基因可以再短時間內進行分析，也因如此讓微生物的世界進而更迅速解碼，如糾纏全世界已經超過兩年的ＣＯＶＩＤ－１９病毒，之所以能在短時間內快速進行分析跟定序，都是拜次世代基因定序的技術。簡單無侵入式的採集糞便，針對腸道全細菌的16s基因（類似細菌的專屬指紋）進行全面性定序跟分析，可以一次將腸道內的各類菌相的組成比例跟豐富度進行比較。而這幾年的科學研究更將腸道與飲食、慢性病、癌症、失智、免疫異常連結的證據更完整揭露。所以科學家有幸可以利用檢測腸道所呈現的不同細菌的分布來評估風險，以及給予飲食與生活習慣或是補充營養品上更精確的指引。

新型態的保健概念

精準醫療與腸道微菌叢的搭配，在近年已逐漸為醫師與大眾所接受，有些醫學中心更積極將其納入醫療健康檢查體系，其核心概念是搭配新型態的個人化之檢測數據（如個人藥物基因組或是腸道菌基因組），合併採用生化數值或檢測(如 : 腸漏症，乳果糖呼氣測試，過敏原檢測，維生素D評估等)，進行量身定做之個人化醫療方案，並能與各種新式醫療連結，諸如功能醫學與細胞老化醫學等，以更多元且精準的醫學理念，提供亞健康族群或患者快速且實效的治療方針，降低尋覓解決方案所花費的精力與時間。